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按微生物的種類區分
培養基按微生物的種類可分為細菌培養基、放線菌培養基、酵母菌培養基和霉菌培養基等四類。
（1）常用的細菌培養基有營養肉湯和營養瓊脂培養基。
（2）常用的放線菌培養基為高氏1號培養基。
（3）常用的酵母菌培養基有馬鈴薯蔗糖培養基和麥芽汁培養基。
（4）常用的霉菌培養基有馬鈴薯蔗糖培養基、豆芽汁蔗糖（或葡萄糖，葡萄糖比較昂貴）瓊脂培養基和察氏培養基等。
按照培養基用途區分
培養基按其特殊用途可分為基礎培養基、加富培養基、選擇性培養基和鑒別培養基。
（1）基礎培養基。是含有一般微生物生長繁殖所需基本營養物質的培養基。牛肉膏蛋白胨培養基是常用的 基礎培養基。
（2）加富培養基。是在基礎培養基中加入血、血清、動植物組織提取液制成的培養基。用于培養要求比較苛刻的某些微生物。
（3）選擇培養基。是在普通培養基中加入特殊營養物質或化學物質，以抑制不需要的微生物的生長，有利于所需微生物的生長。用于將某種或某類微生物從混雜的微生物群體中分離出來。
（4）鑒別培養基。是在培養基中加入某種試劑或化學藥品，使培養后會發生某種變化，從而區別不同類型的微生物。如鑒別大腸桿菌的伊紅美藍培養基，鑒別纖維素分解菌的剛果紅培養基。
伊紅美藍培養基：用于鑒別大腸桿菌。右圖中是大腸桿菌菌落，菌落表面反光，有金屬光澤。
按培養基用于生產的目的區分
根據培養基用于生產的目的來區分，可以分為種子培養基和發酵培養基。
（1）種子培養基。種子培養基是為保證發酵工業獲得大量優質菌種而設計的培養基。種子培養基的目的是提供大量優質的菌種。所以這種培養基與發酵培養基相比，營養總是較為豐富，氮源比例較高。為了使菌種能夠較快適應發酵生產，有時在種子培養基中有意識地加入使菌種適應發酵條件的基質。
（2）發酵培養基。發酵培養基的目的是使生產菌種能夠大量生長并能累積大量代謝產物而設計的培養基。發酵培養基的用量大，因此對發酵培養基的要求，除了要滿足菌種需要的營養和累積大量代謝產物外，還要求原料來源廣泛，成本比較低。所以，這種培養基的成分一般都比較粗，碳源的比例較大。
除上述幾類培養基外，還有門用于培養病毒等寄生微生物的活組織培養基，如雞胚等；門用于培養自養微生物的無機鹽培養基等。
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