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菌種保藏的方法很多，但原理大同小異。先要挑選優良純種。利用微生物的孢子、芽孢及營養體；其次，根據其生理、生化性，人為創造低溫、干燥或缺氧等條件，抑制微生物的代謝作用，使其生命活動降低到低的程度或處于休眠狀態，從而延長菌種生命以及使菌種保持原有的形狀，防止變異。不管采用哪種保藏方法，在菌種保存過程中要求不死亡、不污染雜菌和不退化。
短期：斜面保藏
斜面保藏是目普遍的短期保藏法，操作簡單，使用方便，但需定期接種。因此工作量較大，而且傳代次數多易發生變異，因此，僅適用于短期經常使用的菌種。
1. 配制培養基，營養成分濃度稍低為宜，特別是糖類盡可能降低，產酸菌種，則應添加少量碳酸鈣；
2. 斜面裝液量，斜面以傾斜后不超過試管長度 1/2 為宜；
3. 斜面培養，溫度較適稍低，時間較適略長；
4. 生長完成后，密封置于 2~8℃的冰箱中保藏。每傳代一次，霉菌、放線菌及有芽孢的細菌可保存 1~3 個月，酵母菌 2 個月，細菌1個月。
活化使用：
將斜面從冰箱中取出，細菌挑取菌落增菌，或霉菌切塊傳代培養，培養好即可使用。
長期：冷凍保藏
冷凍保藏是目使用較為廣泛的長期保藏法，適用于所各類微生物，較之于斜面保藏，減少了工作量，延長了保藏時間。
1. 準備斜面或平板新鮮培養物一個，10%的無菌甘油溶液；
2. 用甘油溶液將菌體或孢子洗脫下來，形成菌懸液；
3. 菌懸液分裝，凍存管裝液 1mL/支，后置于程序降溫盒；
4. 將程序降溫盒置于-80℃冰箱凍存；
5. 可保藏 1-2 年。
活化使用：
1. 將凍存菌株置于凍存盒中取出，準備水浴溶解，切勿常溫融化；
2. 將菌株迅速置于水浴速溶，細菌 40℃，真菌 30℃，約 2min 全部溶解后接種到適宜培養基；
3. 采用適宜條件培養完成即可。
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