多肽固相合成法是多肽合成有機化學的一個重大的提升。它的大的優點是不必純化中間物質，合成過程能夠連續開展，從而為多肽合成的自動化奠定了基本。目全自動多肽的合成，基本上全是固相合成。其主要過程以下：
根據Fmoc化學合成，先將所需合成的目標多肽的C-端氨基酸的羧基以共價鍵形式與一個不可溶的高分子樹脂相接，然后以這一氨基酸的氨基做為多肽合成的起始點，同其他的氨基酸早已活化的羧基功效產生肽鍵，持續重復這一過程，就可以獲得多肽。依據多肽的氨基酸構成不一樣，多肽后處理方法不一樣，純化方法也是有差別。
1.做免疫用的多肽多長為合適?一般約10-15個氨基酸，自然長一些免疫效果非常的好一些，但是合成費用也會提升。MAP多肽則期待長短在15aa之上，實際效果不錯。此外，10aa下列的多肽免疫實際效果非常差。
2.免疫用多肽的純度必須很高嗎?一般而言，免疫用Peptide，70-85%就可以。
3.大家合成的多肽溶解性不太好，多肽就有問題對不對?難以準確預測一個多肽的溶解性及合適的溶劑是什么。假如多肽無法溶解就覺得多肽合成有問題這一觀念并有誤。
4.多肽情況是怎樣?如何保存存儲?大家帶來的多肽是粉狀，一般為灰白，構成不一樣，多肽粉末狀的色調有差別，多肽一般長期性儲存必須遮光儲存，并應儲存在-20度，短期內能夠儲存在4度。能夠短期內得話是以室內溫度運送。
5.怎樣溶解多肽溶解多肽是比較復雜的事兒，一般難以一下子明確合適的有機溶劑。一般是先取一點實驗，在都沒有明確合適的有機溶劑千萬別合部溶解。以下方式有利于您挑選合適的有機溶劑：
(1)判斷多肽的正電荷特殊，設置酸性氨基酸Asp(D),Glu(E)和C端COOH為-1；堿性氨基酸Lys(K),Arg(R),His(H)及N端NH2為+1,其他氨基酸的正電荷為0。測算出將電荷數。
(2)假如凈電荷數>0，多肽為堿性，自來水溶解：如果不溶解或溶解性并不大，加入醋酸(10%之上)；假如多肽還不能溶解，加入少量TFA(25ul)溶解，然后加入500ul水稀釋。
(3)假如凈電荷數<0，多肽為酸性，自來水溶解；如果不溶解或溶解性并不大，加入氨水(25ul)溶解，然后加入500ul水稀釋。
(4)假如凈電荷數=0，多肽為中性，一般必須用有機溶劑如乙腈，甲醇或異丙醇，DMSO等溶解。也有人建議必須尿素來溶解疏水性非常大的多肽。
6.非HPLC純化的多肽中有什么雜質?粗品和除鹽等的多肽中多肽和非多肽類雜質：如非總長多肽和多肽后處理的一些原材料如DTT、TFA等。
7.HPLC純化的多肽有什么雜質?歷經HPLC純化的多肽，仍會出現一些一些雜質存有，在其中的雜質主要是短肽和少量TFA。
8.多長的多肽為合適?多肽合成必須考慮到多肽的長短，正電荷，親疏有別水溶性等要素。長短越長，合成粗品的純度和產出率都隨之減少，純化的困難和沒法合成的概率便會大些。自然多肽功能分區的編碼序列是難以更改的，可是為了更好地多肽的順利合成，有時候必須在作用取的上中下游提升一些輔助氨基酸，以改進多肽的溶解性和親疏有別水溶性。假如多肽過短，合成也很有可能有問題，關鍵情況是合成的多肽后面處理方式中有一定的難度系數，5肽下列的多肽，一般要有親水性的氨基酸，不然后處理難度系數增加。15個氨基酸殘基下列的多肽一般都能夠取得認可的產出率和得率。
9.怎樣從多肽編碼序列中判斷多肽的溶解性?(1)多肽中假如帶有高比率的疏水性較強的氨基酸如和Leu,Val,IIe,Met,Phe和Trp，多肽難以溶解與水溶性水溶液中或壓根不太可能溶解。這種氨基酸不論是純化或合成，都是有很有可能有問題。
(2)一般狀況下疏水性氨基酸的占比<50%，不可以連續5個連續aa為疏水性，帶正電荷的氨基酸的(正電K,R,H,N-terminus,負電D,E,C-terminus)的占比做到20%，在多肽的N或C短假如能提升旋光性氨基酸，還可以改進溶解性。
10.為何帶有Cys,Met,或Trp的多肽難合成?帶有Cys,Met，或Trp的多肽無法合成，與此同時難以獲得高純的商品。關鍵是因為這種官能團不穩定，易空氣氧化。這種多肽的應用和存儲都必須需注意，防止不斷打開外蓋。
11.為何有一些多肽的合成產出率或純度會非常低?多肽合成與引子合成有非常大的差別，不可以合成的引子非常少，可是不可以合成的多肽經常有。如Val,Ile,Tyr,Phe,Trp,Leu,Gln,和Thr這種氨基酸鄰或重復時，多肽鏈在合成過程中無法完全舒展溶解，合成效率降低。下列多種情況，合成效率和物質的純度都非常低，如：重復Pro,Ser-Ser，重復Asp，4個連續Gly等。
12.多肽是怎樣純化的?多肽純化一般應用正相反柱(如C8，C18等)，214nm。緩存管理體系一般為含TFA的有機溶劑，pH2.0。BufferA為含0.1%TFAinddH2O，BufferB為1%TFA/ACN/pH2.0。純化用BufferA溶解；假如溶解不太好，用BufferB溶解后，然后用BufferA稀釋；對疏水性強的多肽，有時候還必須加入少量的FormicAcid或醋酸。HPLC剖析多肽粗物質，假如多肽不長(15aa下列)，一般會出現主峰，主峰一般為總長物質；針對20aa之上的長肽，要是沒有主峰，HPLC需配搭Mass來判斷相對分子質量，從而明確哪個峰是所需合成的多肽。
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