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單細胞分選技術，即利用優化后的高通量測序技術分析每一個單個細胞的序列信息，從而更高分辨率地揭示細胞間的細胞差異以及其在微環境中的功能情況。

那么問題就來了：

1.如何獲得單個細胞？如果無法獲得單個細胞這一切都是不成立的。

2.如何獲得大批量 的單個細胞？單組織細胞群體在10E6以上，如果被檢測的測序細胞數量過小精確度不足。

3.如何低成本地獲得大批量單個細胞？單細胞測序成本高，尤其是需要測2000~3000個以上的細胞的時候，如果單個細胞的分選成本也很高，技術根本無法普及。

眾所周知傳統的生物學分析方法常見的研究對象就屬群體細胞了，可這么一來使得細胞之間的生物學差異可能會相互掩蓋，生物信息容易消失在大背景中。由于基因隨機表達的細胞異質性，很難解釋細胞和細胞之間的在轉錄和翻譯水平的差異，所以在單細胞層面研究基因組學、表觀基因組學和轉錄組學就顯得尤為重要了。

但要通過流式分選出足夠多的符合要求的單細胞進行下游實驗并沒有那么容易。下面三方面是必須要考慮的問題：

1、活性

細胞活性狀態對后續實驗而言很重要，就拿轉錄組分析為例，高通量表達譜芯片技術需要高質量的RNA樣本，細胞活性不好或死細胞會直接導致RNA降解，實驗無法繼續。

2、精度

流式分選是精密度超高的儀器，稍稍不同的參數（激光、液流等）的設置都會直接造成結果偏差；另外既然是想研究單細胞，那么就得確保單細胞分選得到的確為單個細胞，否則同樣沒有意義。

3、效率

自動化替代人工無疑是提高效率、節省成本的有力舉措；當你需要分選超低含量的細胞時，務必是個長時間工程，鞘液用光時，其更換繁瑣度、耗時、連續性等都是需要考慮的